
  0 | module Text.Molfile.AtomType
  1 | 
  2 | import Chem
  3 | import Text.Molfile.Types
  4 | 
  5 | %default total
  6 | 
  7 | ||| Compute the atom type and implicit hydrogen count
  8 | ||| of an atom with charge and information about
  9 | ||| racicals set, that is bound to its neighbours by `MolBond`s.
 10 | export
 11 | calcMolAtomType :
 12 |      {auto fld : Foldable f}
 13 |   -> f MolBond
 14 |   -> Atom Isotope Charge p Radical h t c l
 15 |   -> Atom Isotope Charge p Radical HCount AtomType c l
 16 | calcMolAtomType ns a =
 17 |   let bs      := foldMap (toBonds . type) ns
 18 |       (hy,at) := atomTypeAndHydrogens (cast a.elem) a.radical a.charge bs
 19 |    in {type := at, hydrogen := hy} a
 20 | 
 21 | ||| Perceive atom types and implicit hydrogens for a .mol-file graph
 22 | export %inline
 23 | perceiveMolAtomTypes : MolGraph -> MolGraphAT
 24 | perceiveMolAtomTypes (G o g) =
 25 |   G o $ mapWithCtxt (\_,(A a ns) => calcMolAtomType ns a) g
 26 |