
  0 | module Control.Monad.Bayes.Inference.PMMH
  1 | 
  2 | import Control.Monad.Bayes.Interface
  3 | import Control.Monad.Bayes.Inference.SMC
  4 | import Control.Monad.Bayes.Population
  5 | import Control.Monad.Bayes.Sequential
  6 | import Control.Monad.Bayes.Traced.Static
  7 | import Control.Monad.Trans
  8 | import Numeric.Log
  9 | 
 10 | ||| Particle Marginal Metropolis-Hastings sampling.
 11 | export
 12 | pmmh :
 13 |   MonadInfer m =>
 14 |   -- | number of Metropolis-Hastings steps
 15 |   (n_mhsteps : Nat) ->
 16 |   -- | number of time steps
 17 |   (n_timesteps : Nat) ->
 18 |   -- | number of particles
 19 |   (n_particles : Nat) ->
 20 |   -- | model parameters prior
 21 |   Traced m b ->
 22 |   -- | model
 23 |   (b -> Sequential (Population m) a) ->
 24 |   m (Vect (S n_mhsteps) (List (Log Double, a)))
 25 | pmmh n_mhsteps n_timesteps n_particles param model =
 26 |   mh n_mhsteps (param >>= runPopulation . pushEvidence . Population.hoist lift . smcSystematic n_timesteps n_particles . model)
 27 |